El acervo custodiado consta de 3293 piezas arqueológicas asociadas por piezas unitarias y lotes, además de material óseo y seis copias de ofrendas huicholas. El contenido de carácter arqueológico fue obtenido de las excavaciones, llevadas a cabo entre 1971 y 1999, de los cinco conjuntos arquitectónicos liberados hasta el momento en el sitio, mismo que es identificado como el centro ceremonial más importante de la Cultura Chalchihuites en su etapa temprana (200-900/950), fundado entre los años 400 y 450 por sacerdotes vinculados a Teotihuacán. Su ubicación sobre las inmediaciones de la línea del Trópico de Cáncer le otorga a este sitio características importantes en relación a la concepción del mundo de los antiguos habitantes.

La asociación de piezas se da a través de cuatro temas principales: antecedentes; vida cotidiana; fundación y apogeo; y periodo terminal. Del mismo modo se exponen temas como la cosmovisión y trascendencia astronómica del sitio mediante la proyección de dos videos que expresan de forma sencilla y breve estos conceptos. En última instancia, el museo ofrece datos sobre el tema de continuidad cultural donde se habla de las analogías cosmogónicas entre la Cultura Chalchihuites y los actuales grupos de coras y huicholes de la región del Gran Nayar.