La cédula de fundación del Colegio de Guadalupe, fechada en 1704, menciona que las labores apostólicas se encaminaban principalmente a la provincia de Coahuila y también hacia tierras texanas. Dentro del Colegio generalmente habitaban alrededor de 30 religiosos, y los frailes que salían a evangelizar tenían que pasar al menos dos años preparándose dentro de este recinto.

Las primeras misiones las encabezó fray Antonio Margil de Jesús a orillas del Río Sabinas en Coahuila, pero la hostilidad de los indios impidió que éstas prosperaran. No obstante, el empeño de los frailes no se vio frenado; para 1716 habían levantado algunas misiones sobre los ríos San Antonio y Guadalupe en Texas, e incluso lograron ubicarse en los límites de los territorios franceses de la Luisiana. A finales del siglo XVIII fundaron también más de 14 pueblos en el Seno Mexicano (actual estado de Tamaulipas), se hicieron cargo de 15 de las misiones que dejaron los jesuitas en la Sierra Tarahumara, y arribaron a la Alta California. De tal forma, la labor de los colegiales de Guadalupe quedó plasmada en más de una treintena de fundaciones misionales, cubriendo así una gran parte de la  frontera norte en el periodo virreinal.