El museo es de los conocidos como mixto, esto deriva de la diversidad de su colección y los temas que aborda, pues resguarda y exhibe desde piezas paleontológicas, arqueológicas, objetos virreinales, textiles, fotografías antiguas, documentos, armas, indumentarias civiles y religiosas

El acervo paleontológico que posee el museo proviene de Aguascalientes y la región, principalmente de la colección conocida como Mooser, así como de salvamentos paleontológicos y donaciones.