En la parte inferior central de la obra se encuentra una leyenda en latín que hace referencia a la escena representada. Esta inscripción nos remite a la vida de san Francisco antes de su conversión, cuando todavía ostentaba Borja el título de marqués de Lombay. Se cuenta que en el año de 1539, Isabel de Portugal, esposa de Carlos I de España, cayó gravemente enferma. Además del emperador y los médicos, sólo los marqueses de Lombay podían ingresar en la cámara de la emperatriz. La enferma dispuso que únicamente la marquesa de Lombay tocara sus restos y los amortajara, y que fuera el marqués de Lombay el encargado de custodiar su conducción desde Toledo hasta el Panteón Real de Granada. La comitiva tardó 15 días en atravesar las tierras castellanas; el calor era agobiante. En la cripta real, varios notarios extendieron los pergaminos de sus actas, y el capellán mayor, revestido con rica capa negra y rodeado del cabildo, se adelantó hacia el féretro y lo abrió. Todos los señores, uno a uno, juraron que aquel cuerpo era el de la emperatriz. El último fue el marqués de Lombay, quien levantó el paño de seda que cubría el rostro de su señora, y ante aquella visión de descomposición y podredumbre, con secuencia natural de 15 días de zarandeo bajo el fuego de sol ardiente, extendió su brazo y juró.

A esta última escena en la cripta real hace referencia la pintura, y el artista tuvo cuidado de retratarla con exactitud. San Francisco de Borja se encuentra en la parte central de la composición, justamente detrás del cadáver de su Señora, con una aureola y la mirada hacia las alturas, mientras de su boca salen unas palabras en latín tomadas del Libro de Job: Patredini dixi: Pater meus es; matamea et Sorormea Vermigus (Job 17,14). (Y gritó a la fosa: "¡Tú, mi padre!", a los gusanos: "¡Mi madre y mis hermanos!")

Esta pintura formó parte del ex colegio jesuita de Tepotzotlán.