El Museo de Guadalupe ocupa una amplia extensión de lo que fue el Antiguo Colegio de Propaganda Fide de Nuestra Señora de Guadalupe, que funcionó de 1707 a 1908. En los primeros años del siglo XVIII se inició la fábrica (construcción) del inmueble, que partió del claustro de San Francisco y el noviciado. Fray José Guerra fue el encargado de conseguir los recursos para la dedicación, la cual se logró gracias al patrocinio de los ricos hacendados zacatecanos, como el capitán Ignacio de Bernárdez.