La máxima autoridad del convento fue el guardián que era ayudado en sus tareas por los padres, llamados “discretos”, quienes en número de cuatro integraban el discretorio. El guardián y el discretorio se encargaban de atender el manejo del Colegio, lo que implicaba seguir el ingreso y permanencia de los novicios, coordinar los trabajos entre los fieles y despachar las misiones a evangelizar los territorios del norte. La celda del guardián ocupaba un lugar muy importante, generalmente se ubicaba en la planta alta del claustro, junto a las celdas de los otros habitantes, la biblioteca y el coro.

El padre guardián y su discretorio permanecían en la dirección del Colegio entre dos y tres años, periodo al que se llamaba "capítulo".