Su colección base se conforma de 382 piezas, misma que se integra con objetos arqueológicos fabricados en cerámica, jadeíta, piedra caliza, concha, caracoles y restos humanos, así como estelas, paneles, jambas y dinteles esculpidos. El discurso de este museo hace referencia al horizonte histórico de la cultura maya en Campeche, al comercio, al surgimiento de las ciudades y desarrollo de la arquitectura, a la religión, escritura y cómputo del tiempo, así como al papel que jugó la guerra en la intrincada vida política de las ciudades del Clásico Tardío (600-800). También se hace referencia a sitios específicos como la isla de Jaina y Calakmul.