Entre 1526 y 1527 Ignacio estudió algunos meses en la Universidad de Alcalá. En ese tiempo aprovechaba cualquier ocasión para evangelizar, lo que despertó la curiosidad de la gente que rumoraba sobre su persona. Esto provocó la preocupación de los inquisidores y una denuncia lo relaciono con la desaparición de tres mujeres, motivo por el que fue arrestado. Cuando el alguacil conducía preso a Ignacio por las calles de Alcalá se cruzó con él el joven Marqués de Lombay, Francisco de Borja.