Otros espacios de exhibición están destinados a la serie de transformaciones que, a partir de 1760, se sucedieron en la Nueva España culminando con el descontento generalizado de la sociedad y el inicio del conflicto en 1808. Pinturas, mobiliario y documentos gráficos exponen las consecuencias de las reformas impuestas durante el reinado de los Borbones y la llegada del visitador José de Gálvez a la Nueva España para reformar el control político y económico que la corona había perdido en épocas anteriores. Las últimas salas de esta exposición aluden al impacto de las ideas de la Ilustración en la ciencia, la moda y el arte novohispano. Retratos de personajes ilustres, trajes y vestidos, piezas de cerámica y orfebrería dan testimonio de los cambios en este tiempo. Los temas que abordan estos espacios hacen hincapié en cómo la política borbónica desestabilizó el antiguo orden colonial y aumentó la crítica social, principalmente de los criollos desplazados por el nuevo régimen. Este descontento desembocó en la crisis y el inicio del movimiento insurgente de 1810 que culminó, 11 años más tarde, con la Independencia de México.