Sobre la cota más alta del valle se localiza El Palacio, un conjunto de al menos siete edificios que se distribuyen en dos niveles y atravesó por distintas etapas de construcción. Las etapas más tempranas se encuentran en la parte más alta del cerro y no pertenecen a la arquitectura Puuc. Posteriormente, en este mismo sector, se construyó un patio, ya con arquitectura Puuc, que debió albergar a los primeros linajes gobernantes del sitio.

En el periodo siguiente, los mayas adosaron al cerro una enorme plataforma de cerca de 150 m de largo por 70 de ancho, sobre la que desplantaron 40 recintos, la mayoría de ellos pegados al cerro. Para el periodo Clásico Terminal, El Palacio fue la sede del poder político y religioso. Sin embargo, la construcción del Palacio nunca se concluyó, ya que en el sector oriente se puede apreciar una serie de cuartos sin terminar.